La crise des vocations religieuses et sacerdotales qui touche l’Europe au cours des dernières décennies du dernier millénaire conduit également à la réduction des effectifs des Doctrinaires : les écoles de Varallo Sesia, Borgosesia, Sanremo et Vigevano sont fermées, la présence en Italie, en dehors de la réalité des Edizioni Doctrinaires, se concentre sur l’apostolat paroissial. Le Chapitre général de 1994 définit la fermeture des Provinces romaine et piémontaise et donne vie à l’unique Province italienne, qui comprend également la communauté de Cavaillon-Cheval Blanc. Le 9 juillet 1997, le Chapitre provincial italien, sous la direction du Père Luciano Mascarin, Supérieur piémontais, a approuvé une « Motion » sur la mission ad gentes qui dit: «Le Chapitre estime que l’initiative missionnaire, souhaitée et soutenue par le dernier Chapitre général, suivi personnellement par le Supérieur général, doit continuer ».
En 2006, la présence au Burundi a commencé, à Bujumbura. Le Père Luciano Mascarin, après douze années de service comme Supérieur Général, au cours desquelles il a personnellement suivi les contacts avec les évêques burundais et initié ces expériences missionnaires, avec une grande générosité, se rend disponible, aux côtés du premier religieux burundais Venant Ntahonkirije, Nicolas Banikwa, Charles Bitariho et Joseph Mpitabavuma, pour démarrer la présence des Doctrinaires au Burundi. Les Pères, outre la maison de formation, acceptent la conduite d’une activité pastorale dans un quartier périphérique de Bujumbura, Ruziba.
Au Burundi, aujourd’hui, outre la maison du Noviciat et le Studentat de Théologie, les pères se consacrent au ministère sacerdotal et à la prédication et l’évêque leur a confié des paroisses. Elle a été confiée aux Doctrines burundaises le 3 septembre 2024 par l’évêque Mgr. Séverine Niwemugizi de la paroisse Notre-Dame de Lourdes à Katoke, Biharamulo, diocèse de Rulenge-Ngara, Tanzanie. A la frontière avec le Burundi.